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一般多肽序列的寫法有二種形式:單字母形式和三字母形式,無論是哪一種形式,所表述的多肽構(gòu)造全是唯一的,以此來防止出現(xiàn)分歧。目前國際上統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)書寫是多肽的N端(氮端)在最左側(cè),多肽的C端(碳端)在最右側(cè)。
一、多肽的單字母書寫形式
什么是單字母?
簡單來說是一個字母代表一個氨基酸,一般用大寫字母表明,如A代表丙氨酸、C代表半胱氨酸。如果是小寫字母的話,代表對應(yīng)氨基酸是D型的,如小寫字母字母a代表D型丙氨酸、小寫字母字母c代表D型半胱氨酸。
多肽單字母書寫舉例說明
1.多肽1序列:AGYFKVCM,共八個氨基酸,字母均是英文大寫,表明全部的氨基酸均是純天然存有的L型氨基酸。
2.多肽1序列:AGYFKVCM還可以寫出H-AGYFKVCM-OH,左側(cè)的H-代表N端的氨基,可以寫,也可以省略。右側(cè)的-OH代表C端的羧基,一樣可以寫,也可以省略。但是一般為了美觀齊整,H-和-OH另外寫或不寫。
3.多肽2序列:AGYFkvcm,共八個氨基酸,右側(cè)(C端)的四個氨基酸是小寫字母,表明對應(yīng)的四種氨基酸是和L型對稱性的D型氨基酸。
4.多肽4序列:AGYFKVCM-NH2,與多肽1的差別是,右側(cè)多了-NH2,代表著C端酰胺化。
二、多肽的三字母書寫形式
什么是三字母?
就是三個字母代表一個氨基酸,而且三字母和上文提及的單字母是一一對應(yīng)關(guān)聯(lián)。三個字母中,第一個字母大寫,第二和第三個字母小寫字母,如Ala也是代表丙氨酸、Cys代表半胱氨酸。
多肽三字母書寫舉例說明
1.多肽1序列對應(yīng)的三字母書寫為:H-Ala-Gly-Tyr-Phe-Lys-Val-Cys-Met-OH.
2.多肽3序列對應(yīng)的三字母書寫為:H-Ala-Gly-Tyr-Phe-Lys-Val-Cys-Met-NH2,C端酰胺化。
三、獨特氨基酸書寫,下邊介紹一些常見的書寫
1.N端封端的書寫,一般是乙酸封端,書寫為Ac-Ala-Gly-Tyr-Phe-Lys-Val-Cys-Met-OH.
2.磷酸化氨基酸的書寫:
H-Ala-Gly-pTyr-Phe-Lys-Val-Cys-Met-OH
H-Ala-Gly-Tyr(PO3H2)-Phe-Lys-Val-Cys-Met-OH,數(shù)字3和2可采用下標(biāo)。
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