肽酶是一種能夠水解肽鏈的酶。它們是所有生物生存所必需的酶，編碼肽酶的基因占所有蛋白質(zhì)的2%。在對500名個體的肽酶調(diào)查中，發(fā)現(xiàn)14%的肽酶是藥物靶點（Southan，2001）。肽酶在許多生物過程中發(fā)揮重要作用，包括食物蛋白質(zhì)的消化、細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)循環(huán)、凝血級聯(lián)、抗原呈遞和各種蛋白質(zhì)的激活，包括酶、肽激素和神經(jīng)遞質(zhì)。

 工業(yè)上使用的許多肽酶都是混合酶，純化的肽酶數(shù)量很少。肽酶最初用于奶酪制作，后來用于果凍（荷馬的《伊利亞特》中記錄的無花果汁含有Ficain酶c01.006）和動物胃中發(fā)現(xiàn)的“凝乳酶”（A01.006）。肽酶也可用于使肉變嫩、澄清啤酒、增強(qiáng)奶酪和寵物食品的風(fēng)味。主要用于皮革行業(yè)，去除毛發(fā)，使皮革更柔軟（“軟化”和“浸泡”皮革工藝）；然而，許多這些專利產(chǎn)品的序列和有機(jī)物的來源尚未公開。肽酶還廣泛用于清潔材料，如生物洗衣粉和晶狀體清潔液。除了作為藥物靶標(biāo)外，肽酶還可以幫助消除胃腸道寄生蟲（Anthelminthics），幫助燒傷患者去除死皮（清創(chuàng)），通過消化軟骨測量血量和緩解背痛，以及治療椎間盤突出癥（化學(xué)核溶解），肽酶在實驗室中也廣泛用作蛋白質(zhì)抑制劑，并用于制造多肽所需的蛋白序列。最近的實驗利用肽酶的抑制特異性來處理重組融合蛋白，例如，NIa內(nèi)肽酶從煙草花葉蝕刻病毒（C04.004）中的病毒多聚蛋白的特定位點：ENLYFQ+G/S。在病毒載體的特定位點引入能夠編碼特定蛋白介體的核苷酸序列片段，可以通過添加肽鏈內(nèi)切酶輕松將特定蛋白從混合物中區(qū)分出來。 

肽酶是生物學(xué)、醫(yī)學(xué)研究和生物技術(shù)中一種非常重要的酶。由于肽酶活性的調(diào)節(jié)是如此重要的一個方面，數(shù)百種蛋白同時被研究作為抑制劑。

根據(jù)催化類型，肽酶大致可分為六類：蘇氨酸、天冬氨酸、半胱氨酸、絲氨酸、谷氨酸和金屬離子型肽酶。

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