在多肽合成中，不僅要保護暫不參與形成酰胺鍵的氨基和羧基，同時也需要保護氨基酸側(cè)鏈上的活性基因，在完成反應(yīng)后再去除保護基因，才能使具有特定氨基酸順序的多肽合成成功。

由于不易發(fā)生消旋，因此無論固相合成還是液相合成，α氨基的保護基均采用烷氧羰基類型。芐氧羰基最先使用，然而因為其想要脫除必須有較強的酸解條件，因此使用叔丁氧羰基替代來保護，采用TFA脫保護，可是對于含有色氨酸等對酸不穩(wěn)定的肽類的合成不適用。

Fmoc在changMeienlofer和Atherton等人在1978年被采用作為α氨基保護基，Fmoc基對酸很穩(wěn)定，可以使用哌啶-CH2CL2或哌啶-DMF將其脫去，最近幾年，Fmoc合成法的應(yīng)用越來越廣泛。

羧基一般使用形成酯基的方法來保護，甲酯和乙酯在逐步合成保護羧基的過程中最常用，因為皂化可以將它們去除。在合成肽時，為了避免側(cè)鏈功能團所帶來的副反應(yīng)，通常使用適當?shù)谋Ｗo基暫時保護含有半胱氨酸、組氨酸、精氨酸等帶側(cè)鏈功能基的氨基酸的側(cè)鏈基團。

保護基的選擇不僅要能夠讓側(cè)鏈基團不參與形成酰胺的反應(yīng)，還要保證在肽合成過程中保護基不受破壞，然后在肽鏈裂解時將保護基去除。例如用金剛烷氧羰基（Adoc）對精氨酸進行保護，用冷的三氟乙酸將其脫去；用2,2,2-三氟-1-芐氧羰基和2,2,2-三氟-1-叔丁氧羰基乙基來對組氨酸的咪唑環(huán)進行保護，然后通過催化氫化或冷的三氟乙酸將其脫去。

固相中和液相中的接肽反應(yīng)原理大體上相同，在溶液內(nèi)放入兩個相應(yīng)的氨基被保護的及羧基被保護的氨基酸，沒有肽鍵形成。酰胺鍵的形成，一般使用強的失去劑（如碳二亞氨）形成對稱酸酐或者活化羧基變成混合酸酐、活潑酯、酰氯等方法。當中最為廣泛應(yīng)用的是活化酯法和選用DCC、HOBT或HOBT/DCC的對稱酸酐法。

裂解及合成肽鏈的純化BOC法是用TFA+HF裂解和脫側(cè)鏈保護基，FMOC法是直接用TFA，由于條件不同，有些時候也會采用氟離子和氫解、光解、堿等其它脫保護方法，一般采用GX液相色譜、親和層析、毛細管電泳等進一步的精制、分離與純化合成肽鏈。

寫到最后:

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