具體的設(shè)計(jì)規(guī)則:

長(zhǎng)度：合成的PNA序列一般不超過18個(gè)堿基，但不包括連接物、氨基酸和標(biāo)記物。

含有氨基酸：一個(gè)賴氨酸或半胱氨酸可以連在一個(gè)序列的N或C端。

嘌呤含量：富含嘌呤的PNA容易聚合，水溶性差。為了避免聚合,請(qǐng)遵循以下原則:

1. 將嘌呤含量限制在60%以下

例如:

GAT TAG CAG TCT ACG(可行-嘌呤含量<60%)

2. 連續(xù)嘌呤不超過4個(gè)，鳥嘌呤不超過3個(gè)。

例如:

ATT AGG GGC ATC TAC (不可行- 連續(xù) 4 個(gè) G)

CTA GAT AGA AGG TTC (不可行- 連續(xù) 6 個(gè)嘌呤)

3.如果不能避免上述規(guī)則，則可以考慮探針互補(bǔ)鏈。

例如:

GTA GAT GCC CCT AAT (可行-上面序列的互補(bǔ)序列，未違背任何準(zhǔn)則)

GAA CCT TCT ATC TAG(可行-上述序列的互補(bǔ)序列)

避免自我互補(bǔ)序列：反向重復(fù)序列、發(fā)夾序列和回文序列。由于PNA/PNA相互作用比PNA/DNA更強(qiáng)，這些類型的探針容易聚合。

1. 四堿基互補(bǔ)是可行的，除了那些只包含C和g的。但是，當(dāng)它們被一個(gè)或多個(gè)堿基分開時(shí)，這也是可行的。

例如:

GAT AATT GCA(可行-四個(gè)堿基互補(bǔ))

GAT CCGG TAC(不可行-只有CCGG互補(bǔ))

TAT CCT GGT A(可行，CC和GG隔一個(gè)堿基)

2. 六個(gè)或六個(gè)以上的堿基互補(bǔ)是不可行的。

例如:

CTA TTA ATG CA(不可行- 6個(gè)堿基互補(bǔ))

3.當(dāng)被一個(gè)或多個(gè)堿基分開時(shí)，除了只包含C和G的堿基外，可以補(bǔ)充六個(gè)堿基。

例如:

AGT GCT ACT(可行-中間有間隔)

GCG GCT CGC(不可行-只有G和C互補(bǔ))

4. 即使被一個(gè)或多個(gè)堿基隔開，8個(gè)堿基互補(bǔ)也是不可行的。

例如:

ACTG T CAGT(不可行- 8堿基互補(bǔ))

一般規(guī)則:

我們強(qiáng)烈建議您設(shè)計(jì)一個(gè)反平行PNA探針。PNA可以在任意方向形成雙鏈，但采用反向平行以優(yōu)先，形成最常見的雙鏈。對(duì)于反義和DNA探針類型的應(yīng)用，反平行性是最首選的構(gòu)象。反平行取向時(shí)，PNA探針的n端相當(dāng)于DNA的 5’端。

PNA的熔點(diǎn)與DNA的熔點(diǎn)不同。由于PNA鏈?zhǔn)遣粠щ姷模?/span>PNA- DNA的T m值會(huì)高于相應(yīng)的DNA-DNA的T m值。一般來說，100 mM NaCl中堿基每增加一個(gè)，其T m值增加約1°C。鹽濃度越低，T m值的差異越明顯。一般來說，有10個(gè)堿基的PNA其T m值在50℃左右，含15個(gè)堿基的PNA其Tm值約為70℃。

長(zhǎng)度為12~17個(gè)堿基的PNA序列效果最好。序列長(zhǎng)度取決于其特定的應(yīng)用。PNA探針序列的長(zhǎng)度比DNA需要的短。具有鏈長(zhǎng)的PNA傾向于按照序列聚合，它不容易純化和表征。然而，序列越短，特異性越差。因此，對(duì)于短序列，不匹配的影響更大。

寫到最后:

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