1、確定抗體的用途（應(yīng)用程序），并開(kāi)展一個(gè)新的研究項(xiàng)目。有必要澄清感興趣的蛋白質(zhì)的一些基本特征，特別是如果你知道蛋白質(zhì)的存在，它將非常有助于選擇抗體易于接觸和識(shí)別的識(shí)別區(qū)域。然而，如果沒(méi)有如此準(zhǔn)確的結(jié)構(gòu)信息（主要是在這種情況下），理解研究的用途（應(yīng)用程序）將影響多肽設(shè)計(jì)的策略。例如，如果研究重點(diǎn)集中在不同的蛋白質(zhì)區(qū)域，如C端或N端，或在特定狀態(tài)下的蛋白質(zhì)，如磷酸化，則根據(jù)所需序列設(shè)計(jì)的多肽和相應(yīng)的應(yīng)用程序

2、一般來(lái)說(shuō)，理想的抗原識(shí)別區(qū)域應(yīng)具有親水性、蛋白質(zhì)表面和結(jié)構(gòu)變形性等特點(diǎn)。因?yàn)樵诖蠖鄶?shù)自然（自然）環(huán)境中，親水區(qū)往往集中在蛋白質(zhì)表面，而疏水區(qū)往往包裹在蛋白質(zhì)中。同樣，抗體只能與蛋白質(zhì)表面發(fā)現(xiàn)的識(shí)別區(qū)域相互作用。當(dāng)這些識(shí)別區(qū)域具有足夠的結(jié)構(gòu)變形性并轉(zhuǎn)移到抗體可接觸的位置時(shí)，它們將與抗體具有高度的親和力。

3、連續(xù)和不連續(xù)識(shí)別區(qū)域的連續(xù)區(qū)域是指由連續(xù)氨基酸序列（殘留基礎(chǔ)）組成的識(shí)別區(qū)域。大多數(shù)抗體是針對(duì)連續(xù)識(shí)別區(qū)域的?？贵w可以與此類區(qū)域結(jié)合，具有很高的親和力，表明該序列不在蛋白質(zhì)中。不連續(xù)識(shí)別區(qū)域是指具有一定折疊的多肽序列或連接兩個(gè)分離的多肽的抗體識(shí)別區(qū)域。在某些情況下，也可以產(chǎn)生這種不連續(xù)識(shí)別區(qū)域的抗體，但用于免疫的抗原肽必須具有與不連續(xù)識(shí)別區(qū)域相似的二次結(jié)構(gòu)，序列的長(zhǎng)度必須相同。

4、為了避免隱藏在蛋白質(zhì)中的風(fēng)險(xiǎn)，我們通常建議選擇蛋白質(zhì)的N和C端產(chǎn)生的相應(yīng)抗體，以避免隱藏在蛋白質(zhì)中的風(fēng)險(xiǎn)。因?yàn)樵谕暾牡鞍踪|(zhì)中，N，C端通常暴露在蛋白質(zhì)表面。但是，必須注意的是，膜蛋白的C端疏水性太強(qiáng)，不能用作抗原。

5、我們通常建議抗原多肽的序列長(zhǎng)度在8-20個(gè)氨基酸殘留基礎(chǔ)之間。如果序列長(zhǎng)度過(guò)短，則存在多肽過(guò)于特殊、抗體與天然蛋白質(zhì)之間親和力（結(jié)合能力）不足的風(fēng)險(xiǎn)。同樣，如果序列長(zhǎng)度超過(guò)20，則可能導(dǎo)入二次結(jié)構(gòu)，產(chǎn)生的抗體可能會(huì)失去特異性。此外，肽鏈越長(zhǎng)，合成通常越困難，因此不容易獲得高純度產(chǎn)品。

6、選擇載體蛋白交聯(lián)

基本原則：在遠(yuǎn)離抗體識(shí)別區(qū)域的一端添加載體蛋白。如果序列中沒(méi)有Cys，則在N或C端添加Cys是交聯(lián)的首選方法。

7、常用分析軟件MacVecforTM；DNAstarTM；PC-GeneTM。

寫到最后：

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