抗體多肽如何定制？抗體多肽的設計原則

為了使生產抗體獲得最佳效果，仔細地設計抗原多肽是很必須的，設計應達到一個基本標準：在免疫過程中，該抗原既不容易產生過強的免疫反應，另外又能產生出感興趣的蛋白有結合工作能力的抗體。雖然抗原設計是一個很繁雜的課題研究，有眾多需要注意的關鍵點，已超出了大家能夠出示的范疇，根據大家所累積的工作經驗，有幾點重要的基本設計原則能夠出示給大家參照：

1、確定抗體的用途（應用）

新進行一個研究新項目，搞清楚所感興趣的蛋白的一些基本特點是很必須的，尤其是假如了解蛋白的構造會對選擇抗體便于接觸和識別的識別地區(qū)有很大的協助。然而，在沒有那樣精準的構造信息（大部分是這類狀況）的狀況下，掌握研究的用途（應用）會危害多肽設計的對策。比如：假如研究關鍵是集中化在蛋白的不一樣地區(qū)，如C端或N端，或在一種特定情況下的蛋白，如磷酸化等，那么依照所需序列設計的多肽和產生的相對的抗體在應用上應當沒有很大的艱難，然而，蛋白的構象將危害抗體兩者之間識別地區(qū)中間的相互作用。這類狀況下很有可能存在的問題是假如在伸縮的蛋白中，該識別地區(qū)被藏在蛋白的內部，抗體將沒法接觸到該地區(qū)。（沒法產生相互作用）。

2、識別地區(qū)的選擇標準

一般說來最理想化的抗原性識別地區(qū)應具有親水、坐落于蛋白表面和構造上易形變性等特性。由于在大部分的天然（自然）環(huán)境中，親水地區(qū)傾向于集中化在蛋白表面，而親水性地區(qū)經常被包裹在蛋白內部，一樣大道理，抗體只有與在蛋白表面發(fā)覺的識別地區(qū)相互作用，而當這種識別地區(qū)有充足的構造易形變性而遷移到抗體可接觸的部位時，可能與抗體間有很高的親和性。

3、連續(xù)的與不連續(xù)的識別地區(qū)

連續(xù)的地區(qū)就是指由連續(xù)的氨基酸序列（殘基）組成的識別地區(qū)。大部分抗體是對于連續(xù)識別地區(qū)的，抗體能與這種地區(qū)以很高的感染力相結合說明這段序列沒有蛋白內部。不連續(xù)的識別地區(qū)是意味著有一定伸縮的一段多肽序列，或者將兩段分離去的多肽連在一起的抗體的識別地區(qū)。在一些狀況下，對于那樣不連續(xù)識別地區(qū)的抗體也可以產生，僅僅用于免疫的抗原多肽務必具有與該不連續(xù)識別地區(qū)類似的二級結構，而序列的長度需要合乎相關的規(guī)定。

4、基本建議

為了防止識別地區(qū)隱藏在蛋白內部的風險，大家一般建議選擇蛋白的N，C兩邊來產生的相對的抗體。由于在詳細的蛋白中，N，C兩邊一般是曝露在蛋白表面的。然而，一定要注意膜蛋白的C端疏水性太強，不宜做為抗原。

5、序列的長度

一般大家建議抗原多肽的序列長度在8-20個氨基酸殘基中間，假如過短，就會有多肽太獨特、所產生的抗體與天然蛋白中間的感染力（結合工作能力）不足強的風險，一樣，假如序列長度超出20，將有可能引進二級結構，所產生的抗體失去特異性的很有可能，并且肽鏈越長，一般生成難度擴大，不易得到高純度的商品。

6、載體蛋白交聯的選擇

基本原則：將載體蛋白加在避開抗體識別地區(qū)的一端，在序列中沒有Cys的狀況下到N或C端再加上Cys為交聯的優(yōu)選方式。

7、常用分析軟件

MacVecforTM;DANstarTM;PC-GeneTM